Cette communication interroge les pratiques de deux classes différentes, de même niveau (élèves de grade 5), travaillant en sciences du vivant par une démarche d'investigation (DI). On cherche, au sein de ces pratiques, certaines conditions qui pourraient conduire à des apprentissages inégalitaires entre élèves. Partant du postulat que les savoirs en jeu dans la classe sont le résultat d'une action conjointe entre le professeur et les élèves, c'est la théorie de l'action conjointe en didactique qui est mobilisée pour les analyses. Après une présentation de quelques caractéristiques de l'action conjointe dans chacune des classes, nous choisissons un moment-clé de la DI et mettons l'accent sur le fonctionnement de deux groupes d'élèves qui apprennent, dans chacune des classes. Ces études de cas sollicitent une méthodologie proche de celle développée par l'école genevoise (mise en correspondance de données issues des séances filmées dans les classes et d'entretiens menés avec le professeur et des élèves). L'analyse des interactions didactiques montre que les élèves n'apprennent ni de manière identique ni les mêmes savoirs soit parce qu'ils n'ont pas été enseignés de la même façon, soit parce que les élèves ne trouvent pas dans les situations d'enseignement et d'apprentissage proposées des ressources identiques.